Las investigaciones biomédicas requieren cada vez más de la integración de datos de naturaleza muy variada y la aplicación de métodos estadísticos, en correspondencia con la diversidad y confiabilidad de los datos procesados.
El objetivo de este proyecto es el desarrollo de herramientas computacionales para la identificación de blancos moleculares y de proteínas de interés terapéutico mediante el análisis de Redes de Genes, que incluye la predicción in silico de: Factores de Transcripción y genes que estos regulan, interacciones proteína-proteína y expresión diferencial de genes, a partir de datos experimentales.
Este proyecto tiene como objetivo el desarrollo de métodos computacionales para la identificación automática de los residuos espacialmente equivalentes en conjuntos de proteínas que compartan una misma topología y/o plegamiento estructural, así como el uso de esta información para mejorar la clasificación automática de dominios de proteínas, el desarrollo de nuevos métodos de predicción de plegamientos, la obtención de modelos más precisos de estructuras de proteínas por homología y la validación de métodos computacionales de alineamiento múltiple de secuencias basados exclusivamente en la estructura primaria de las proteínas.
En la actualidad contamos un Servidor Web para el alineamiento estructural de pares de proteinas y el análisis de los cambios de conformación , un programa basado en un nuevo método para el alineamiento múltiple de estructuras de proteínas , y nuevo método de clasificación jerárquica de estructuras basado en la información de los alineamientos múltiples.
El objetivo de este proyecto es la aplicación y desarrollo de métodos matemáticos, estadísticos y computacionales, así como el desarrollo de metodologías para la obtención, análisis e interpretación sistemática de datos de proteómica, orientados a determinar propiedades de las proteínas como su actividad, estado de modificación, composición, dinámica y su interrelacion en redes funcionales.
Se han desarrollado algoritmos para la secuenciación de péptidos por MS/MS y la identificación de pépticos y proteínas mediante búsqueda en bases de datos de secuencias. Algunas de las aplicaciones desarrolladas están disponibles como servicios web en la seccion de servicios.