Herramientas

BisoGenet

Herramienta que posibilita la búsqueda de datos de interacciones moleculares y relaciones funcionales en torno a un conjunto de genes/proteínas.

 

Isotopica

Cálculo y visualización de la distribución isotópica a partir de fórmulas moleculares o la secuencia de péptidos, proteínas, DNA, RNA y carbohidratos.

 

SysBiomics

Es una aplicacion web que permite el acceso a la informacion de la base de datos SysBiomics que integra los datos de genes, proteinas, interacciones proteinas-proteinas, biological pathways, gene ontology y silenciamiento de genes.

Sitios de Interés

 

 

 

 

 

 

Próximos Eventos

OMICS 2015

 International Meeting on Bioinformatics and Omics. Varadero Beach, Cuba. Oct 27-30.

 

BIG DATA in Biomedicine

Big Data in Biomedicine Conference. Standord, CA, USA. Mayo 20-22, 2015.

 

ISMB/ECCB 2015

23rd Annual  International  Conference  on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 14th European Conference on Computational Biology at the Convention Center Dublin. Ireland. July 10-14.

 

 

Para Uso Interno

BisoGenet

BisoGenet es una herramienta que posibilita la búsqueda de datos de interacciones moleculares y relaciones funcionales en torno a un conjunto de genes/proteínas. Esta información es representada como una red (grafo), cuyos nodos y arcos recogen información acerca de los genes/proteínas y sus interacciones/relaciones, respectivamente. BisoGenet ofrece, además, un grupo de herramientas y opciones visuales que facilitan el análisis de dicho resultado bajo el enfoque de la Biología de Sistema.

 

BisoGenet dispone de una base de datos propia (SysBiomics) que constituye el soporte de la información biológica que utiliza. Esta base de datos recopila e integra datos de múltiples fuentes públicas que incluye: anotaciones generales sobre genes y proteínas (NCBI, UniProt), anotaciones funcionales (KEGG, GO), interacciones entre genes/proteínas (DIP, BIND, HPRD), entre otras categorías informativas. El acceso a BisoGenet es provisto mediante un plugin creado para Cytoscape, que ofrece una interfaz amigable desde la cual el usuario puede introducir sus datos y especificar las opciones para la búsqueda y construcción de la red. Este plugin permite visualizar los resultados e interactuar con dicha información a través de las pantallas y paneles del Cytoscape. El uso del Cytoscape como plataforma permite sacar provecho de sus reconocidas potencialidades para la visualización de grafos, así como de otras herramientas disponibles para el análisis de los resultados.

 

 

 

Reference: Martin A, Ochagavia ME, Rabasa LC, Miranda J, Fernandez-de-Cossio J, Bringas R. A new tool for gene network building, visualization and analysis. BMC Bioinformatics , 10:91 , 2010. [abstrac][full text]

 

Citas a BisoGenet

 

 

 

BisoGenet esta corriendo en un sistema de cómputo que fue donado generosamente por la compañía INSPUR Electronic Information Industry (Beijing).